Si le fichier .csound6rc existe, il sera utilisé pour fixer les paramètres de la ligne de commande. Ceux-ci peuvent être redéfinis. Csound 5.00 et les versions ultérieures lisent ce fichier d'abord depuis le répertoire HOME (ou le chemin complet défini par la variable d'environnement CSOUND6RC), et ensuite depuis le répertoire courant. Si les deux existent, les options de .csound6rc du répertoire courant seront prioritaires. Ce fichier a la même forme qu'un fichier .csd, mais sans les balises. Les lignes commençant par # ou ; sont traitées comme des commentaires.
Un fichier .csound6rc peut contenir des éléments comme ceux-ci :
-+rtaudio=portaudio -odac2 -iadc2 -+rtmidi=winmme -M1 -Q1 -m0
Dans ce cas, csound générera sa sortie en temps réel et recevra son entrée en temps réel depuis le périphérique 2, en utilisant l'interface du pilote portaudio. Il utilisera les entrées et les sorties MIDI en temps réel sur l'interface 1. Il imprimera très peu de messages (-m0). Ces options seront utilisées par défaut en l'absence d'autres options spécifiées dans la balise <CsOptions> du fichier .csd ou dans la ligne de commande (voir Ordre de priorité).